새해, 새로운 SARS-CoV-2 변종: 오미크론에 맞서기 위한 게놈 감시 프로토콜에 대한 결의안
Mar 27, 2022
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향상된 전염성과 부분적 특성을 가진 SARS-CoV{1}} 변종 출현면역성 있는탈출(Volants of Concern, VOC라고도 함)은 코로나바이러스{0}} 대유행의 두 번째 해를 특징짓습니다. 게놈 감시를 통해 빠르게 확산되는 숨겨진 혈통과 VOC를 공중 보건 위협이 되기 전에 식별할 수 있습니다. 칠레 공중 보건 연구소(Instituto de Salud Publica, ISP)는 칠레에서 SARS-CoV-2 게놈 감시 이니셔티브를 주도했습니다. ISP는 시퀀싱 데이터를 사용하여 VOC의 도입을 알리고 VOC의 전염성과 돌연변이 서명을 특성화하여 팬데믹의 지역적 특징을 더 잘 이해하는 데 기여했습니다.1
2021년 12월 17일 현재 새로 등장한 Omicron VOC는 칠레를 포함한 89개국으로 빠르게 확산되었습니다.2 ISP는 12월 21일까지 119개의 샘플을 Omicron으로 식별했습니다. 이 중 118개는 SCL 공항 도착에 해당하고 1개는 지역사회 전파에 해당합니다(그림 1a, b). Omicron의 역학적 특징은 아직 연구 중이지만 현재 보고서에 따르면 두 가지 우려되는 사실이 있습니다. 첫째, Omicron은 자연 및 백신 유도 중화에서 광범위하게 탈출하여 재감염 및 돌발성 감염의 가능성을 높입니다.
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구체적으로,오미크론의 면역탈출은 mRNA 백신(화이자-바이오엔텍의 BNT162b2)을 고려할 때 새로 예방접종을 받은 사람과 추가접종을 받은 사람의 경우 각각 증상이 있는 질병에 대한 백신 효과를 35%와 73%로 감소시킬 것입니다(화이자-바이오엔텍의 BNT162b2). Sinovac의 비활성화된 바이러스 백신인 CoronaVac.4,5 2022년 1월 9일 현재 칠레 인구의 86.6%가 완전히 예방접종을 받았고 60.5 퍼센트는 추가 주사를 맞았고6(그림 1c), 대부분의 투여 용량은 CoronaVac(55.3%)에 해당하고 BNT162b2(36.4%, 일반적으로 부스터)7에 해당하므로 또 다른 유행을 일으킬 위험이 있습니다.4
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둘째, 초기에 새로운 NPI가 없는 상태에서 Omicron은 1.{1}}일의 2배 시간에 도달하여 Delta VOC보다 더 빠르게 퍼졌습니다. 그러나 이것은 Omicron의 광범위한면역성 있는기본 전달율의 고유한 증가가 아니라 탈출입니다.9 따라서 더 엄격한 NPI는 전달을 상당히 감소시킬 수 있습니다. 심각한 과정에 대한 보호가 오미크론 감염에 대해 남아 있는 것처럼 보이지만, 인구의 높은 발병률은 노동력의 많은 부분이 검사와 검역을 필요로 하기 때문에 중요한 기반 시설의 올바른 기능을 위험에 빠뜨립니다. 따라서 정보에 입각한 의사 결정을 위해서는 게놈 감시를 통해 순환 변이체 및 특성을 결정하는 것이 기본입니다.
게놈 감시가 순환하는 변이체와 돌연변이 시그니처의 스냅샷을 제공하지만 그 신뢰성은 샘플링 프로토콜의 품질에 달려 있습니다. 다음에서는 게놈 감시10에 대한 공식 권장 사항을 SARS-CoV-2 게놈 감시를 위한 강력한 샘플링 프로토콜에 대해 고려해야 할 4가지 간단한 규칙인 CARD 규칙으로 요약합니다.
1. 조정: 선택 편향을 피하고, 대표성을 보장하고, 자원 할당을 최적화하고, 샘플링 프로토콜을 표준화하기 위해 서로 다른 기관의 노력이 중앙에서 지시되고 조화를 이루어야 합니다. 이 기관은 또한 게놈 정보와 함께 GISAID에 보고되어야 하는 샘플링 프로토콜의 투명성을 보장해야 합니다.
2. 적응형: 새로운 변이가 POE에서 신호를 받고 커뮤니티 전송에서 감지될 때 더 나은 해상도를 제공하기 위해 시퀀싱 강도를 증가시켜야 하며 변이 우세가 확인되면 기준 비율로 감소해야 합니다. 이를 통해 정책 입안자는 예방적으로 행동할 수 있습니다(그림 1d 참조).
3. 대표자: 샘플링 프로토콜은 공간적 이질성을 포착하고, 다른 민족지학적 그룹을 목표로 하고, 잠재적 충돌자 편향을 설명해야 하며(예: 증상이 있는 개인 또는 백신 접종을 받지 않은 개인 또는 동일한 전염 사슬에서 추출한 경우) 현재 발생률에 비례해야 합니다. 대표성을 유지한다. 칠레와 같이 도심이 산재해 있는 국가에서는 지역별로 대표성을 보장해야 합니다.
4. 차등: (i) 진입 지점(POE) 및 (ii) 감시 센터에서 수집된 샘플은 목적이 다르기 때문에 별도로 처리 및 분석해야 합니다. POE에서 새로운 위협이 감지되면 변종 간의 조기 교체 역학을 정확하게 캡처할 수 있도록 커뮤니티 샘플링을 늘려야 합니다.
지역사회 전파에서 이미 오미크론을 검출했기 때문에 칠레 정책 입안자는 인구의 더 많은 부분에 부스터 mRNA 백신을 제공하면서 확산을 방지하기 위해 비약물적 개입의 엄격함을 동적으로 조정해야 합니다.11 이 단계에서 게놈 감시는 준비와 정책 입안자에게 중요합니다. 파도를 타는 것을 목표로 할 뿐만 아니라 그로부터 배워야 합니다. 전체적으로 우리가 카드를 올바르게 사용하면 성공할 가능성이 더 커집니다.
로 면역력을 향상시키다허브 요법
참고문헌
1 또는 ostica KY, Contreras S, Mohr SB, et al. SARS-CoV-2 감마 및 람다 변종의 돌연변이 서명 및 전파 가능성. arXiv 사전 인쇄 arXiv:2108.10018. 2021.
2 Viana R, Moyo S, Amoako DG, et al. 남아프리카에서 SARS-CoV-2 Omicron 변종의 급속한 전염병 확산. 자연. 2022.
3 Cele S, Jackson L, Khoury DS, et al. Omicron은 광범위하지만 불완전하게 화이자 BNT162b2 중화를 피해갑니다. 자연. 2021.
4 Perez-Then E, Lucas C, Monteiro VS, et al. SARS-CoV-2 변이형 Delta 및 Omicron에 대한 CoronaVac 백신을 완전히 접종한 개인에서 이종 BNT162b2 부스터의 면역원성: 도미니카 공화국 경험. medRxiv. 2021.
5 Lu L, Mok BW, Chen L, et al. BNT162b2 또는 코로나백 백신 수혜자의 혈청에 의한 SARS-CoV-2 오미크론 변이체의 중화. 클린 감염 디스. 2021:ciab1041.
6 Mathieu E, Ritchie H, Ortiz-Ospina E, et al. COVID{2}} 예방 접종의 글로벌 데이터베이스입니다. Nat Hum 행동. 2021:1–7.
7 168도 정보 역학, 정보 인시덴시아 y 그라베다드 데 카소스 코비드-19 segun antecedentes de Vacunacion e informe Estra tegia Nacional de Tta [인터넷]. Departamento de Estadisticas e Informacion de Salud. [2022년 1월 13일 인용].
8 Torjesen I. Omicron 사례가 2~3일마다 두 배로 증가함에 따라 Covid 제한이 강화됩니다. 비엠제이. 2021;375:n3051
9 Lyngse FP, Mortensen LH, Denwood MJ, et al. SARS-CoV-2 덴마크 가정에서 Omi cron VOC 전송. medRxiv. 2021년 12월
10 세계보건기구. SARS CoV-2 변종 감시에 대한 안내입니다. 임시 안내. [인터넷] 2021년 8월 9일.
11 Bauer S, Contreras S, Dehning J, et al. 예방 접종 속도로 제한을 완화하면 자유가 증가하고 추가 COVID{1}} 파도로부터 보호됩니다. PLoS 컴퓨팅 Biol. 2021;17:(9) e1009288