신장 이식의 요로 바이롬 교란

연락처: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 이메일:audrey.hu@wecistanche.com

타라 K. 시그델 외

인간 마이크로바이옴은 건강에 중요하며 필수 대사 기능과 특정 병원체로부터 보호하는 역할을 합니다. 반대로, 미생물군집의 dysbiosis는 다양한 질병의 맥락에서 볼 수 있습니다. 최근 연구에 따르면 수백 개의 박테리아를 포함하는 복잡한 미생물 군집이 건강한 요로를 식민지화하지만 건강과 질병에서 인간의 요로 바이러스에 대해서는 알려진 바가 거의 없습니다. 의 맥락에서 인간 요로 바이롬을 평가하기 위해신장이식(tx), 요로 바이롬 구성의 변화는 정상인 건강한 지원자와 다음이 있는 환자의 소변 샘플에서 평가되었습니다.신장질병그들이 신장 tx를 겪은 후. 액체 크로마토그래피-질량분석기/질량분석기 분석은 142명의 선택된 코호트에서 수행되었습니다.신장770의 더 큰 바이오뱅크에서 tx 환자 및 정상 건강한 대조군신장생검 일치 소변 샘플. 정상적인 건강한 대조군 소변의 분석 외에도,신장tx 환자는 분석된 소변 샘플과 일치하는 생검으로 확인된 표현형 분류가 안정 이식편(STA), 급성 거부 반응, BK 바이러스 신염 및 만성 동종이식편 신병증으로 나타났습니다. 우리는 37개의 고유한 바이러스를 확인했으며 그 중 29개는 인간의 소변 샘플에서 처음으로 확인되었습니다. 인간 요로 바이러스의 구성은 건강과 신장 손상이 다르며, 요로 내 바이러스 단백질의 분포는 IS 노출, 식이, 다양한 살충제 및 살충제에 대한 환경, 식이 또는 피부 노출에 의해 더 영향을 받을 수 있습니다.

키워드: 신장이식, 바이롬, 소변, 단백질체학, 바이오마커

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소개

인간 마이크로바이옴은 혈액(1), 소변(2-4), 타액(5, 6), 뇌척수액(7) 및 기관지폐포 세척액(8, 9)과 같은 다양한 생체 유체에서 그 영향에 대해 광범위하게 연구되었습니다. 인간의 건강과 질병 (10). 폐와 장을 포함하여 인체의 다른 영역에서 미생물군유전체의 평가에 대한 여러 보고서가 보고되었습니다(11-15). 그러나, 신장 이식(tx) 후 신장 손상의 맥락에서 소변의 미생물군집과 그 변화에 대해서는 알려진 바가 거의 없습니다(16, 17). 대부분의 인간 미생물군집 연구는 박테리아 프로파일링을 위해 16S rRNA를 매핑했으며(18), 소변 바이롬을 검사하는 데이터는 극히 적으며(19, 20), 발표된 단일 연구에서는 차세대 시퀀싱을 사용하여 바이러스 게놈 구성요소를 매핑했습니다. 신장 이식 환자의 소변에서 (19).

미생물군집의 Dysbiosis는 염증성 장질환, 결장암, 비만 및 폐질환과 같은 여러 질병과 관련이 있지만(21-25), 타액, 기관지폐포 세척, 그리고 소변. 미생물 군집의 다양한 구성 요소는 보조 인자와 비타민의 생합성, 필수 화합물의 대사 및 병원체로부터의 장벽 보호를 포함하여 필수 기능을 수행하는 것으로 인식됩니다(26-28). 유사한 dysbiotic 및 보호 기능은 또한 소변 바이롬에 기인할 수 있습니다. 따라서 건강과 질병에서 인간 바이롬의 구성을 확인하는 것이 중요합니다. 이 연구의 목적을 위해 우리는 신장 tx 후, 안정적인 신장 기능 동안 및 신장 tx 손상의 맥락에서 건강 상태의 소변과 IS 노출의 맥락에서 이러한 연구를 수행하기로 결정했습니다. 연구의 초점은 인간의 소변에 존재하는 펩타이드와 IS 노출 후 동요 및 급성, 만성 및 감염성 신장 손상의 다양한 원인에 의해 결정되는 바이러스의 레퍼토리를 평가하는 것이었습니다.

마이크로바이옴은 시간이 지남에 따라 변화하며 유기체의 다양성과 상관관계가 있습니다. 미생물군집 분석은 서열 계통발생에 기반한 운영 분류학적 단위에 기반한 구조적 분석과 메타게노믹스 시퀀싱 및 단백질체학에 기반한 기능적 분석으로 나눌 수 있다(29, 30). 다양한 질병에서 확인된 미생물군은 배양, 기능적 메타유전체학, 다중 면역형광 및 제자리 교잡에 의해 추가로 연구될 수 있습니다. NIH 인간 마이크로바이옴 프로젝트는 300명의 개인으로부터 15개 신체 부위의 인간 마이크로바이옴을 발표했습니다(31).

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재료 및 방법

Stanford University와 University of California San Francisco의 신장 tx 프로그램에서 성인 및 소아 샘플로부터 IRB 승인 정보 동의를 통해 수집한 2016년을 포함하는 바이오리포지토리에서 총 142개의 고유 샘플을 평가했으며, 이 중 770개는 일치하는 신장을 동반했습니다. 손상에 의한 신장 tx 점수를 매기기 위해 표준화된 밴프 스키마(32)를 사용하여 중앙 병리학 조직학 판독 및 구획 점수가 있는 tx 상자(그림 1). 이 연구는 샌프란시스코 캘리포니아 대학의 인간 연구 보호 프로그램(Human Research Protection Program)의 승인을 받았습니다. 소변 샘플은 일치하는 신장 bx 병리를 기반으로 5개의 그룹으로 표현형을 지정했습니다. 건강한 대조군(HC; n=9), 안정 이식편(STA; n=40), 급성 거부 반응(AR 7}}), 만성 동종이식 신병증(CAN; n=39), 및 BK 바이러스 신염(BKVN; n=17). 소변 침전물을 제거하기 위해 2,{11}} 4도에서 20분 동안 소변을 원심분리했습니다. 상청액을 10kDa의 필터 막을 통과시켜 크기가 10kDa보다 큰 온전한 단백질로부터 천연 펩티드를 제거하였다. 그런 다음 전체 단백질을 트립신 분해하고 생성된 트립신 펩티드를 LC-MS 플랫폼(Orbitrap Velos MS)으로 분석했습니다. 단백질 준비 및 분석의 자세한 방법은 다른 곳에서 보고됩니다(33).

MSGF와 우리 그룹(https://omics.pnl.gov/software/ms-gf)에서 생성한 맞춤형 알고리즘을 사용하여 결합된 인간 단백질 서열 데이터베이스와 NCBI 바이러스 데이터베이스에 대해 MS/MS 스펙트럼을 검색했습니다. 펩타이드는 처음에 다음 기준을 적용하여 데이터베이스 검색에서 식별되었습니다. MSGF 스펙트럼 E-값(MS/MS 스펙트럼에 대한 펩타이드의 확률 값이 낮은 값과 일치할 확률이 더 높음)<10-10, peptide="" level="" q-value="" (false="" discovery="" rate="" estimated="" by="" targeted-decoy="" database="" search)="" to="" be=""><0.01, and="" mass="" measurement="" error=""><10 ppm="" (±5="" ppm).="" the="" decoy="" database="" searching="" methodology="" was="" used="" to="" confirm="" the="" final="" false="" discovery="" rate="" at="" the="" unique="" peptide="" level="" to="" be=""><1%. due="" to="" the="" anticipated="" higher="" false="" discovery="" rate="" for="" peptides="" from="" viral="" proteins,="" more="" stringent="" filtering="" criteria="" with="" msgf="" spectrum="" e="" value="" to="" be=""><1e-13 was="" applied.="" the="" false="" discovery="" rate="" was="" estimated="" to="" be="" nearly="" 0%="" based="" on="" the="" well-accepted="" target="" decoy="" searching="" strategy="" because="" no="" decoy="" hits="" were="" observed="" following="" this="" stringent="" cutoff.="" data="" are="" shown="" as="" percentages="" and="" mean="" ±="" sd.="" comparisons="" of="" different="" categories="" are="" done="" using="" anova="" and="" p="" values="" of=""><0.05 are="" considered="">

결과

우리 그룹은 이전에 다른 이식 손상 표현형을 가진 신장 이식 수용자로부터 수집된 이러한 소변 샘플에서 생물학적으로 관련된 인간 단백질에 대한 상세한 분석을 발표했으며, 이는 소변 샘플과 동시에 수집된 생검에서 일치하는 신장 이식 조직병리학에 의해 확인되었습니다. 이 데이터는 proteomic MassIVE 저장소(수탁 MSV000079262)와 ProteomeXchange 저장소(수탁 PXD002761)(33)에 기탁되었습니다. 이 연구에서 우리는 신장 이식 환자의 동일한 코호트에서 바이러스 단백질의 식별 및 분석에만 초점을 맞추었으며 건강 및 신장 손상 모두에서 바이러스 단백질을 평가하기 위해 연령 및 성별이 일치하는 건강한 대조군 인간 소변 샘플도 포함했습니다. . 소변에서 분석된 총 인간 및 바이러스 단백질 중 바이러스 단백질만 구성된다는 점에 유의하는 것이 중요합니다.<0.2% of="" the="" total="" identified="" proteins,="" highlighting="" the="" very="" low="" abundance="" of="" rather="" rare="" viral="" proteins="" in="" human="" urine,="" irrespective="" of="" the="" type="" of="" kidney="" injury,="" and="" irrespective="" of="" baseline="" immunosuppression="">

이 논문에 제시된 결과는 이전 간행물(19)에서 보고된 바이러스 성분의 게놈 시퀀싱과 달리 바이러스 펩티드 매핑에서 나온 것입니다. 초기 분석으로 우리는 STA, AR, CAN 및 BKVN의 각 신장 이식 표현형에 특이적인 요로 바이러스 단백질의 유병률과 건강한 대조군 요 바이롬에 대해 언급된 변이에 초점을 맞춥니다. 각 샘플에 대한 소변 바이러스 단백질 데이터는 전체 샘플 모집단에서 해당 바이러스의 평균 수준과 관련된 샘플 풍부도에 대해 평가되었습니다. 우리는 평균적으로 신장 이식 환자의 22%(범위 4-67%)가 소변에서 BK 바이러스 검출이 예상되는 BKVN 환자를 제외하고 소변에서 다른 바이러스 단백질이 검출되었음을 발견했습니다. 요로 및 신장 이식에서 BK 바이러스에 감염되었습니다. 서로 다른 tx 손상 상태 및 정상 건강에서 서로 다른 바이러스 단백질의 분포는 유병률 히트 맵에 표시됩니다(그림 2). 전체적으로, 37개의 고유한 바이러스에서 총 57개의 바이러스 단백질이 확인되었으며, 이들 중 다수는 예상치 못한 것이며 이전에는 인간 소변에서 "공생체"로 기술되지 않았습니다. 이러한 독특한 바이러스 중 8개 바이러스는 단일 가닥 RNA 바이러스, 1개 바이러스는 단일 가닥 RNA-RT 바이러스, 28개 바이러스는 이중 가닥 DNA 바이러스였습니다(표 1). 142명의 환자 중 모든 환자는 소변에 적어도 하나의 바이러스 단백질이 있었고 평균 10.23 ± 4.57 바이러스 단백질/샘플이 있었습니다.

인간 소변 바이러스 단백질의 유병률

검사된 건강한 대조군은 20개의 고유한 바이러스 단백질을 가지고 있었으며 그룹 평균은 13.67 ± 1.32 바이러스 단백질이었습니다. IS가 유지되고 신장 tx 기능이 안정적인 신장 tx 환자는 건강한 코호트(정상 신장 기능 및 정상적인 면역 체계), IS 노출 없이. 다음 바이러스에 속하는 9개의 새로운 바이러스 단백질이 건강한 대조군과 비교하여 STA 코호트에서 검출되었습니다. Cowpea mottle 바이러스 및 Helicoverpa zea 단일 핵다각체 바이러스. tx 후 신장 손상(계속된 IS 노출에도 불구하고)은 STA tx 코호트에 비해 고유한 바이러스 단백질의 수가 전반적으로 증가하고 CAN 환자 그룹에서 소변 바이러스 단백질의 상당한 증가를 초래합니다(11.46 ± 3.52; p {{ 16}}e{17}}) 및 BKVN 환자 그룹(15.76 ± 5.65; p=13.7e-10). 소변 바이러스 단백질의 레퍼토리는 다른 tx 손상 범주에서 상당히 구별되는 것으로 보입니다(그림 3). 소변에서 BKV 바이러스 단백질의 유병률은 AR에서 60-70%, CAN 환자에서 70-80%, BKVN 환자에서 100%로 증가합니다(그림 2). AR 범주에서 볼 수 있는 IS의 증대와 CAN 범주에서 볼 수 있는 것처럼 tx 이후 시간이 더 많이 흐를수록. BKVN 소변 샘플은 예상대로 소변 바이러스 단백질의 최대 발산을 보여줍니다. 정상적인 건강한 대조군(Canarypox 바이러스, Tacaribe 바이러스, Simian 바이러스 12, Acidianus filamentous 바이러스 8)을 포함하여 다른 모든 샘플에 일관되게 존재하는 4개의 바이러스 단백질은 BKVN 코호트에서 더 이상 관찰되지 않습니다. BKV는 DNA 바이러스이기 때문에 소변 바이롬의 변화가 BKVN에서 새로운 DNA 바이러스의 출현과 크게 관련이 있는지 조사했습니다. 5개의 새로운 바이러스 단백질은 BKVN 코호트(Ectropis obliqua nucleopolyhedrovirus, Fowl adenovirus D, Taura syndrome virus, Invertebrate iridescent virus 6, Gallid herpesvirus 2)에서만 발견되었습니다. BKVN 코호트 바이러스의 4/5는 이중 가닥 DNA 바이러스였습니다(표 1).

인간 소변 바이러스 단백질의 풍부함

우리는 다음으로 모든 tx 환자와 HC 소변 샘플에 걸쳐 다양한 바이러스 단백질의 풍부함을 평가했습니다. 검사한 37개의 고유한 바이러스 중 STA IS 환자에서 가장 풍부한 바이러스는 다음과 같습니다(Acidianus filamentous virus 8, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, BK polyomavirus, Canarypox virus, Cotesia congregata bracovirus, Cowpea mottle virus, Glossina pallidipes salivary gland, hypertrophy virus). 유인원 바이러스 12, Tacaribe 바이러스) 및 증가된 Marsellavirus 풍부도는 CAN 및 BKVN 모두에서 볼 수 있습니다. BKVN 환자의 BKV 바이러스에 의한 신장내 감염에도 불구하고, 우리는 BK 바이러스가 인간 요로상피에서 지속되는 정상적인 인간 소변 공생으로, 검사된 모든 tx 범주 및 건강한 대조군에서도 낮은 수준의 BK 바이러스가 검출됨을 관찰했습니다. 거의 모든 검사된 HC 및 신장 tx 환자에서 낮은 수준으로 나타나는 것은 예상치 못한 일이 아닙니다.

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논의

장기 이식에서 미생물군집의 역할에 대한 연구(13, 17, 34)는 음식 섭취, 소화, 대사 및 조절의 영향을 고려합니다. 그러나 tx 및 IS 의약품으로 인한 미생물군의 dysbiosis는 기준선 우세 미생물의 감소와 전반적인 다양성의 손실 및 소수의 새로운 우세 미생물 집단의 출현을 초래하는 기여 요인입니다(35). 이 연구의 매우 흥미로운 발견은 이 데이터 세트에서 식별된 37개 바이러스 중 8개만 이전에 인간에 대해 기술되었으며 이들 중 많은 것도 병원성을 나타내는 것으로 기술되었다는 것입니다. 인간 감염은 확인된 바이러스 중 일부와 함께 설명되어 소변에 존재하는 것이 일반적인 전신 손상 또는 기저 신장 손상의 발병기전과 관련이 있을 수 있음을 시사합니다. Junin 바이러스(아레나 바이러스) 감염은 발열을 포함한 임상적 인간 질병과 아르헨티나 출혈열로 알려진 개체를 유발할 수 있습니다(36). 타카리베 바이러스는 인간의 발열과 출혈성 질환을 일으킬 수도 있는 아레나 바이러스입니다(36). HHV-6 바이러스는 어린이에게 널리 퍼진 바이러스이며 발열, 설사 및 발진을 유발합니다(37). 라이노바이러스는 단일 가닥 RNA 바이러스로 인간에서 가장 전염성이 강한 병원체이며 감기의 가장 가능성이 높은 원인입니다(38). Acanthocystis 표면 클로렐라 바이러스 1은 건강한 인간의 44%(39)에서 발견되었으며 구강인두에서만 기술되었으며 인간에게 병원성이 있는 것으로 알려져 있지 않습니다. 마르세유 바이러스는 비열성 림프절병증 환자의 혈액과 대변에서 설명된 핵세포질의 큰 DNA 바이러스입니다(40).

SV40 바이러스는 오염된 백신(41)을 통해 인간 집단에 도입되었을 가능성이 있는 DNA 폴리오마바이러스이며 이 바이러스 감염은 종종 BK 바이러스 감염과 동시 감염되는데, 이는 tx 집단에서 거의 변하지 않는 발견입니다. 최근 연구는 또한 인간 암에 의한 만성 SV40 감염의 역할을 강조했습니다(42). SV40의 T 항원에 대한 항체는 모두 폴리오마바이러스 계열에 속하는 BK 및 JC 바이러스의 T 항원과 교차 반응하며 SV40 염색은 BKVN의 BK 바이러스 감염 진단에 사용됩니다. 신장에서 BK 바이러스 노출은 정상 인구의 90%에서 볼 수 있으며, 우리의 데이터는 요로 바이롬이 샘플링된 모든 건강한 대조군에서 미량의 BK 바이러스 단백질을 가지고 있음을 시사합니다.

BK 바이러스 복제는 소변에서 BK 바이러스를 배출하는 것으로 설명된 신장 tx 환자의 10-60%에서 볼 수 있으며 이는 우리 데이터에 의해 확인되었습니다(그림 2). BK 바이러스는 신세뇨관 상피세포에 잠복해 있으며 그 유행은 면역기능장애와 면역억제 노출을 증가시키는 것으로 알려져 있다(43). 이 연구에서 우리는 이러한 조건이 면역학적으로 구별되고 매우 다른 치료 접근법, 즉 BKVN에서 면역 억제의 최소화 및 AR에서 증가된 면역억제에도 불구하고 AR 및 BKVN 그룹을 구별할 수 있는 요로 바이롬 특이적 차이점을 식별할 수 없었습니다. AR 카테고리가 확인되었고 검사한 상자 조직에서 음성 SV40 얼룩이 있었습니다. 그럼에도 불구하고, 이 데이터는 BKVN의 검출이 신장 tx 환자에서 과소 보고될 수 있고 조직학적 변화가 고르지 않아 BKVN 질환 진단이 저조할 수 있음을 시사합니다.

인간에서 이전에 기술되지 않은 나머지 19개 바이러스 중 다음은 살충제/살충제로 사용되는 것으로 기록되었습니다(E. obliqua nucleopolyhedrovirus, Euproctis pseudoconspersa nucleopolyhedrovirus, Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, H. zea 단일 핵다면체 바이러스). 공중 보건에서 사용되는 살충제는 질병의 가능성을 제한하기 위한 것이지만 적절하게 취급하지 않으면 인체 조직/체액으로 들어가는 것으로 알려져 있으며 유기농 식단은 어린이 소변에 있는 살충제의 수를 제한합니다(44, 45) . 인간 소변 샘플에서 이러한 바이러스 단백질의 발견은 이전에 발견되지 않은 가능한 오염 물질에 대한 환경 노출에 대한 문제를 제기합니다.

건강한 대조군에서만 일부 바이러스가 100% 유병된다는 발견은 해를 끼치지 않고 존재할 수 있거나 면역 적응을 돕도록 가정될 수도 있는 바이러스 공생체가 있음을 시사합니다. 박테리오파지와 같은 일부 바이러스는 병원성 박테리아를 제거하고 선천성 면역을 강화하여 건강에 중요한 역할을 하기 때문에 이러한 바이러스의 계통수 분석은 흥미로울 수 있습니다(16). 보호 바이러스 또는 파지의 감소는 신장 tx 후 IS의 맥락에서 볼 수 있는 증가된 박테리아 증식을 초래할 수 있습니다. IS 하에서 tx 환자에서 발견된 새로운 바이러스 종의 메타게놈 염기서열 분석은 IS 노출이 일부 바이러스, 특히 염증과 면역을 유도하는 경향이 있는 바이러스의 내성 패턴이나 저항을 변화시켰는지 확인할 수 있습니다(16). 은 나노입자 치료는 염증을 유발하는 장내 바이러스 및 박테리아 개체군을 감소시키는 것으로 나타났습니다(46). 점액성 미생물군집은 비숙주 보호 면역을 제공하는 경향이 있을 수 있으며 IS가 있는 호산구성 바이러스/미생물의 손실은 또한 tx 후 환자에서 볼 수 있는 방광염 및 요로 감염의 위험 증가의 동인일 수 있습니다.

마이크로바이옴은 건강 및 질병 상태와 교차합니다. 살충제/살충제로 사용되는 수많은 바이러스의 새로운 검출은 놀라운 발견입니다. 소변에 존재하지 않을 것으로 예상되는 바이러스의 식별은 섭취(음식, 물 또는 우유와 같은 기타 음료의 오염) 또는 피부 흡수(예: 부적절한 손씻기)를 통해 그 기원이 신체 시스템에 들어갈 가능성을 나타냅니다. 사실, 연방법에 따르면 지금까지 아무도 소변에서 이들의 존재를 조사한 사람이 없었음에도 불구하고 인간 식품의 살충제/살충제 오염의 작은 잔류물이 인식되고 수용됩니다(41, 47). 또한 이러한 바이러스는 감염을 증가시켜 요로를 침범하거나 특히 숙주 면역 방어가 저하된 신장 tx 환자의 IS와 관련하여 감염될 수 있습니다.

다양한 신장 손상 원인을 가진 환자의 다양한 지리적 및 인구통계학적 코호트에서 인간 바이롬 레퍼토리를 평가하여 이러한 결과를 추가로 검증하면 이 연구에서 관찰된 바이러스 단백질의 특정 레퍼토리가 환자, 해당 지역, 환자에 특정한지 여부를 더 잘 식별할 수 있습니다. 인구 통계 또는 신장 질환 하위 유형. 소변 바이러스 PCR 분석에 의한 추가 검증 연구는 다른 신장 손상 코호트에서 이러한 바이러스의 임상적 영향에 대한 신속한 평가를 제공할 수 있습니다. 흥미롭게도, 확인된 바이러스 펩타이드의 레퍼토리에서 우리는 어떤 파지를 관찰하지 못했습니다. 이것은 파지 바이러스(48)의 숙주인 박테리아(펠렛화됨)를 포착하지 않는 소변 상층액에서 펩티드 준비에 사용된 방법론에 기인합니다(48). DNA 염기서열 분석을 기반으로 한 바이롬 보고서에서도 공개된 보고서에서 파지가 확인되지 않았다(19). 세슘 클로라이드 밀도 구배를 사용하여 정제된 박테리오파지 분리를 사용한 소변 바이롬 연구에서 파지의 식별이 보고되었습니다(20). 이 기사는 모두 샘플 준비 방법이 최종 결과에 영향을 미친다는 것을 뒷받침합니다.

집락화, 내성 및 미생물 생태학은 미생물 감염의 맥락에서 설명되고 잘 연구되었으며(49), 항생제 치료(식품을 형성하는 동물의 감염을 치료하는 맥락에서 또는 tx 후 첫 3-6개월 동안 tx 환자에 대한 항바이러스 예방) 장 및 기타 체액에서 많은 공생 박테리아 및 바이러스 종을 제거하고 항균 방어를 감소시킵니다(50). 초기 생활에서 미생물총에 의한 식민지화는 면역 체계를 형성하고 항상성 상태를 위한 기회의 창을 생성하며, 이는 tx 및 IS의 맥락에서 방해를 받으면 염증에 기여할 수 있습니다. 미래의 정밀 의학 접근 방식은 "미생물군 중심" 및 "숙주 중심" 접근 방식에서 정밀 의학으로 맞춤 치료를 원할 수 있습니다. 최근까지 우리는 식품 미생물군집과 많은 새로운 감염이 식품에 의해 매개될 수 있다는 이해에 많은 관심을 기울이지 않았습니다. 주변 온도, 동물 집단의 열악한 생존 인과 관계에 의해 영향을 받을 수 있는 우리가 먹는 음식의 맥락에서 박테리아, 바이러스, 곰팡이 및 이들의 지문과 같은 다양한 감염의 영향을 평가할 메타게놈 추적기 도구를 개발하려는 현재 노력 및 토양 처리(살충제로서 토양의 브롬화 메틸 처리는 Bacillus 종의 엄청난 증가를 초래함), 수원[호수 대 우물물(51)의 다양한 미생물 부하], 식용 식물 품종의 유전학을 포함한 농업 관행 미생물, 식물 및 살충제에 대한 식물 방어가 변경될 수 있습니다(51). 바이러스 및 박테리아 지단백질은 면역 조절 특성을 담당할 수 있으며 최근 연구에서는 점막 불변 T 세포(MAIT 세포)와 같은 특정 세포 계통에 의해 미생물군유전체 다양성을 조절하고 감염을 제어하기 위한 선천 면역의 상호작용에 대한 역할을 제안합니다. 따라서 인간 조직의 미생물 다양성의 원인과 염증 및 면역 반응에 미치는 영향에 초점을 맞춘 추가 연구가 향후 연구의 일부로 수행되는 것이 가장 중요할 것입니다.

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윤리 선언문

모든 연구 샘플은 2000년에서 2011년 사이에 스탠포드 대학의 루실 패커드 아동 병원에서 이식된 소아 및 젊은 성인 수혜자로부터 수집되었습니다. 이 연구는 스탠포드 대학 의과 대학과 UCSF 의료 센터의 윤리 위원회의 승인을 받았습니다. 모든 성인 환자와 성인이 아닌 환자의 부모/보호자는 헬싱키 선언을 완전히 준수하여 연구 참여에 대한 서면 동의서를 제공했습니다.

저자 기여

MS와 TS는 연구 설계에 참여했습니다. SN, TS, NM 및 MS는 기사 작성 및 결과 해석에 참여했습니다. NM은 통계 분석 및 결과 평가를 수행했습니다. CN, KB-J, W-JQ는 raw data를 생성하고 처리했다.

자금 조달

캘리포니아 대학교 샌프란시스코의 지원에 감사드립니다. 저자는 NIDDK R01DK083447(MS), DP3 DK110844(W-JQ) 및 P41 GM103493(W-JQ)의 자금 지원을 인정합니다.

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참조

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